Deutschland ist ein wichtiger Standort für die Aquakulturforschung. Mehrere Universitäten, außeruniversitäre Forschungseinrichtungen, sowie Bundes- und Länderinstitute beschäftigen sich schwerpunktmäßig mit der Forschung an Themen der Aquakultur und Binnenfischerei. Diese Einrichtungen beteiligen sich an der Arbeitsgemeinschaft Aquakultur- und Binnenfischereiforschung (ArGe ABF):
- Albaum: Landesamt für Natur, Umwelt und Verbraucherschutz Nordrhein-Westfalen (LANUV)
- Berlin: Leibniz-Institut für Gewässerökologie und Binnenfischerei (IGB)
- Bremerhaven: Institut für Fischereiökologie und Institut für Seefischerei des Thünen-Instituts – Bundesforschungsinstitut für Ländliche Räume, Wald und Fischerei
- Hannover: Niedersächsisches Landesamt für Verbraucherschutz und Lebensmittelsicherheit (LAVES)
- Königswartha: Referat Fischerei des Sächsischen Landesamtes für Umwelt, Landwirtschaft und Geologie (LfULG)
- Langenargen: Fischereiforschungsstelle des Landes Baden-Württemberg (FFS)
- Potsdam: Institut für Binnenfischerei e.V. (IfB)
- Rostock: Institut für Fischerei (IfF) der Landesforschungsanstalt für Landwirtschaft und Fischerei Mecklenburg-Vorpommern (LFA MV)
- Starnberg: Institut für Fischerei (IFI) der Bayerischen Landesanstalt für Landwirtschaft (LfL)