Muscheln, wie Austern oder Gemeine Miesmuscheln, werden meist küstennah in extensiver Aquakultur erzeugt. D. .h, die Muscheln werden nicht gefüttert und ernähren sich durch Filtration des Umgebungswassers. Sie nehmen dabei auch Stickstoff auf und binden diesen in der Schale oder im Fleisch. Hohe Stickstoffeinträge im Küstenbereich, z. B. durch Landwirtschaft, können zur Eutrophierung beitragen. Die Aquakultur von Muscheln kann also durch das Binden des Stickstoffs einen positiven Einfluss auf die Wasserqualität ausüben.
In einer aktuellen Studie wurde errechnet, dass an den atlantischen Küsten Kanadas knapp 334 t Stickstoff durch Muscheln in Aquakulturen gebunden werden. Miesmuscheln erwiesen sich hierbei als effektiver im Vergleich zu Austern.
Eine englische Zusammenfassung der Studie wurde auch auf TheFishSite veröffentlicht.